Очередным этапом развития вирусов вчитается 1987 год. К этому моменту получили широкое распространения сравнительно дешевые компьютеры IBM PC, что привело к резкому увеличению масштаба заражения компьютерными вирусами. Именно в 1987 году вспыхнули сразу три крупные эпидемии компьютерных вирусов.

Первая эпидемия 1987 была вызвана вирусом Brain (также известен как Пакистанский вирус), который был разработан братьями Амджатом и Базитом Алви (Amdjat и Basit Faroog Alvi) в 1986 г. Он был обнаружен летом 1987 г. По данным McAfee, вирус заразил только в США более 18 тысяч компьютеров. Программа должна была наказать местных пиратов, ворующих программное обеспечение у их фирмы. В программке значились имена, адрес и телефоны братьев. Однако неожиданно для всех The Brain вышел за границы Пакистана и заразил сотни компьютеров по всему миру. Вирус Brain являлся также и первым стелс-вирусом — при попытке чтения зараженного сектора он «подставлял» его незараженный оригинал.

Вторая эпидемия, берущая начало Лехайском университете (США), разразилась в ноябре 1987 г. В течение нескольких дней этот вирус уничтожил содержимое нескольких сот дискет из библиотеки вычислительного центра университета и личных дискет студентов. За время эпидемии вирусом было заражено около четырех тысяч компьютеров.

Последняя вирусная эпидемия разразилась перед самым Новым годом, 30 декабря 1987 г. Её вызвал вирус, обнаруженный в Иерусалимском Университете (Израиль). Хотя существенного вреда этот вирус не принес, он быстро аспространился по всему миру.

В пятницу 13-го мая 1988-го года сразу несколько фирм и университетов нескольких стран мира «познакомились» с вирусом «Jerusalem» — в этот день вирус уничтожал файлы при их запуске. Это, пожалуй, один из первых MS-DOS-вирусов, ставший причиной настоящей пандемии — сообщения о зараженных компьютерах поступали из Европы, Америки и Ближнего Востока.

В 1988 году Роберт Моррисом-младшим был создан первый массовый сетевой червь. 60000-байтная программа, разрабатывалась с расчётом на поражение операционных систем UNIX Berkeley 4.3, SUN. Вирус изначально разрабатывался как безвредный и имел лишь целью скрытно проникнуть в вычислительные системы, связанные сетью Arpanet, и остаться там необнаруженным. Вирусная программа включала компоненты, позволяющие раскрывать пароли, существующие в инфицируемой системе, что, в свою очередь, позволяло программе маскироваться под задачу легальных пользователей системы, на самом деле занимаясь размножением и рассылкой копий. Вирус не остался скрытым и полностью безопасным, как задумывал автор, в силу незначительных ошибок, допущенных при разработке, которые привели к стремительному неуправляемому саморазмножению вируса.

По самым скромным оценкам инцидент с вирусом Морриса стоил свыше 8 миллионов часов потери доступа и свыше миллиона часов прямых потерь на восстановление работоспособности систем. Общая стоимость этих затрат оценивается в 96 миллионов долларов. Ущерб был бы гораздо больше, если бы вирус изначально создавался с разрушительными целями.

Вирус Морриса поразил свыше 6200 компьютеров. В результате вирусной атаки большинство сетей вышло из строя на срок до пяти суток. Компьютеры, выполнявшие коммутационные функции, работавшие в качестве файл-серверов или выполнявшие другие функции обеспечения работы сети, также вышли из строя. 4 мая 1990 г. суд присяжных признал Морриса виновным. Он был приговорен к условному заключению сроком на два года, 400 часам «общественных работ» и штрафу размером 10 тыс. долларов.

В 1989 г. широкое распространение получили вирусы DATACRIME, которые начиная с 12 октября разрушали файловую систему, а до этой даты просто размножались. Эта серия компьютерных вирусов, начала распространяться в Нидерландах, США и Японии в начале 1989 г. и к сентябрю поразила, около 100 тысяч ПЭВМ только в Нидерландах (что составляет около 10% от их общего количества в стране). Даже фирма IBM отреагировала на эту угрозу, выпустив свой детектор VIRSCAN, позволяющий искать характерные для того или иного вируса строки (сигнатуры) в файловой системе. Набор сигнатур может дополняться и изменяться пользователем. В 1989 году появился первый «троянский конь» AIDS. Вирус делал недоступными всю информацию на жестком диске и высвечивал на экране лишь одну надпись: «Пришлите чек на $189 на такой-то адрес». Автор программы был арестован в момент обналичивания чека и осужден за вымогательство. Так же был создан первый вирус, противодействующий антивирусному программному обеспечению – The Dark Avenger. Он заражал новые файлы, пока антивирусная программа проверяла жесткий диск компьютера